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合并多个文件中一列内容到新文件的py脚本

合并多个文件中一列内容到新文件的py脚本

新的Python脚本出炉了

随想:不想更新,也不知道要更新啥

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随便写点吧

写一个支持超大文件的快速列分割的的python脚本

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之前遇到一个百G级别的CSV表格,这种CSV实际就是个数据库!当时我还傻傻的想着用R和Python处理下文件。

写个Python脚本从FastQ文件中抽取成对的Reads

写个Python脚本从FastQ文件中抽取成对的Reads

最开始,师妹来问我的,如何处理BWA的报错。看报错信息提示是因为输入的Read1和Read2的Fastq文件中有不成对的Read。原因在于这两个fq文件来自之前的分析过程中的bam文件抽取得来。

BSseq-WDL:基于WDl的甲基化分析流程搭建和心得

BSseq-WDL:基于WDl的甲基化分析流程搭建和心得

做整合分析的时候,看到broad研究所大佬👨写的软件太好:,看了很久源码,学习wdl,自我感觉小有所成,重构下之前用shell搭建的甲基化流程😸。

python中的文件路径操作,学习os.path和pathlib

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学习python中的系统路径操作

文献阅读-《NBT》空间组与单细胞关联分析综述

文献阅读-《NBT》空间组与单细胞关联分析综述

一篇Nat Rev Genet 的文章《Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics》,关于单细胞和空间组数据分析

病毒整合位点分析软件CTAT-vif的安装排雷指南

病毒整合位点分析软件CTAT-vif的安装排雷指南

这个软件很强大,但是坑也特别多,但是至少也比那些常年不更新,连给bug的机会都不给,因为你根本安装不上的的整合分析软件强多了!!!

TCGA数据库分析内容整理

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嗯,我是有脚本的

M1芯片的电脑如何安装jdk-1.8.0

M1芯片的电脑如何安装jdk-1.8.0

解决下苹果M1自带的java报错问题

在Windows上安装和学习linux系统——安装WSL2

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因为我自己的电脑花了一千多大洋更新了内存条和硬盘💾。现在已经溜的起飞✈️,真的强烈建议大家如果手上电脑不行了,考虑换下内存条和加装固态硬盘,

分享一个统计Q20和Q30的小脚本

分享一个统计Q20和Q30的小脚本

分享一个统计Q20和Q30的小脚本📦 生信往往会统计fa或者fq文件的reads数目🉑,碱基数目,Q20和Q30,以作为补充材料放在附录。其实

用python读取下载到本地的网页-反[反爬虫]机制

用python读取下载到本地的网页-反[反爬虫]机制

从MalaCardsa爬虫收集疾病相关的研究信息📄 MalaCardsa数据库📘,我今天也是第一次知道,感觉这个网站太牛🐃了,收集了各种人类👫

从Nucleotide下载小基因组的Gtf注释文件

脚本的目的 大家首先会觉得为什么要写这种脚本。提起来就没什么用,基因组注释文件不是从NCBI-Genome或者Ensembl这些基因组网站上直

写个python脚本根据ID号调取PubMed的信息

最近在学python 至于为什么最近在学python,主要是自己最近刚换了职业,现在主要是搞生信。还专门问了几个老同事,都建议说python,

什么是差异基因?差异基因少意味着什么

什么是差异基因?差异基因少意味着什么

为什么差异基因少, 差异到底是什么? 经常会碰到一些项目,差异基因少,这种情况的原因是非常多因素的。从生信分析的角度上,解决方法最常用的是调整参数。我做了技术支撑也快一年了,在这种问题上也算是有一些心得。 首先找寻问题,要从从下往上一点点寻找才是最保险的。那么差异分析的结果是怎么来的呢

单细胞分析上游-Cellranger分析单细胞数据

单细胞分析上游-Cellranger分析单细胞数据

生信软件学习-CellRanger的安装和使用 最近因为换了工作,真正的做了一名分析💻,但是因为时间紧任务重,所以一直都是用自己自学的R来支撑

处理批次效应连续剧第四集(R包有logo了)

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R包有logo, 快乐起飞!

处理批次效应连续剧第三集(R包基本OK)

处理批次效应连续剧第三集(R包基本OK)

最近闲暇时间,对自己的富含bug包做了简单的维护(实话说,我现在很少遇到bug了,感觉修的七千八八了,但肯定还是不完善的)。

处理批次效应连续剧第二集(R包小有成效)

处理批次效应连续剧第二集(R包小有成效)

自己写的fixbatch有效果了,小小激动一下,开心