这个软件很强大，但是坑也特别多，但是至少也比那些常年不更新，连给bug的机会都不给，因为你根本安装不上的的整合分析软件强多了！！！

基因整合位点的检测

0.1版本安装

用的软件是放在Github上的CTAT-VirusIntegrationFinder软件，这个软件是麻省理工学院和哈佛大学联合Broad Institute开发的软件，这个研究所声名远扬，如雷贯耳，去他们的Github主页看，就知道是开发picard和GTAK的大牛研究机构。

CTAT-VirusIntegrationFinder是Trinity Cancer Transcriptome Analysis Toolkit 工具套件其中一个模块，CTAT-VirusIntegrationFinder顾名思义，主要是做病毒基因整合的检测。而整个套件中其他模块有做融合基因，有作突变位点，也有做CNV和SV的。总之就是很强大。

安装

现在Releases · broadinstitute/CTAT-VirusIntegrationFinder (github.com)上下载软件包，然后解压缩，看到一个download的sh文件，bash运行，注意要在联网环境下

tar -zxvf CTAT-VirusIntegrationFinder-v1.0.1.FULL.tar.gz
bash  download_cromwell.sh

注意，cromwell 必须要jdk 1.8.0+ 的环境，具体可以看我当时提的issue.这第一个坑，卡我了至少三天。

下载好后，就可以用make命令编译，如果没有报错，那么恭喜你你已经跳过安装最大的坑了，如果报错了，需要根据报错信息，进行环境的补全，可能文章后面的0.04版本的安装会给一些提示。

基因组索引

基因组索引需要在[网站](Index of /Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB (broadinstitute.org))下载基本的源文件, 虽然解压缩后，这个文件夹里有很多文件，但是还是需要重新构建（你敢信，这个又卡了我三天，我以为直接可以用！！！，脸上笑眯眯，心里MMP）

从Github上下载构建索引的脚本:

git clone https://github.com/NCIP/ctat-genome-lib-builder/
ls ctat-genome-lib-builder/prep_genome_lib.pl
# 查看位置
ctat-genome-lib-builder/prep_genome_lib.pl \
--genome_fa GRCh38.primary_assembly.genome.fa \
--gtf gencode.v37.annotation.gtf \
--dfam_db human \
--fusion_annot_lib fusion_lib.Mar2021.dat.gz \
--human_gencode_filter \
--pfam_db current

当这个运行可以构建基因，但是我的环境好像少了perl环境，服气了。

我还是直接从网站down构建好的基因组吧,果然下载构建好的基因，运行直接成功了。虽然这个构建好的基因组index有31G的大小，贼难下载的说。

~/wangjiaxuan/biosoft/CTAT-vif/ctat-vif \
--left ./genome_lib/test.fq   \
--genome_lib_dir ~/CTAT-vif/genome_lib/ctat_genome_lib_build_dir \
--sample_id yesimola \
-O ./test \
--cpu 2 \
--virus_type hpv33 # 这个参数是我自己加上的，原软件是没有的

以上就会运行成功，结果预览：

注意：因为脚本会默认用的是,来分割read，所以如果你的fq文件的reads名字增加了一些特殊字符是回报错的。所以针对这点需要在此基础上修改脚本，比如我就是修改成以~来作为分割符。

0.04版本安装时候的坑

最早期的时候安装过这个软件，但是踩了很多坑，后面作者更新（因为我们和作者联系，希望增加SE测序的支持，正好作者准备更新），所以我就重新走了一遍安装和索引流程，但我觉得之前的坑排雷经验也很重要，留下来做个备份。

也许对于其他环境的问题，之前的坑还在，只不过我这次更新，已经把之前的坑填了而已。

言归正传、CTAT-VirusIntegrationFinder需要在Github上下载，下载（先别下载有坑！看后面），运行参数很简单：

tat-VIF.py --left_fq reads_1.fastq \
            --right_fq reads_2.fastq \
            --genome_lib_dir /path/to/ctat_genome_lib_dir \
            --viral_db_fasta viruses.fasta

但其中主要是这个genome_lib_dir的文件需要构建参考库、当然也可以直接从已经构建上的数据库上下载。但是已经构建好的索引库太大，所以最好是下载其中源文件，然后自己进行构建库。具体可以看其他人的文章。

好了，当构建好索引库，也不是万事大吉。首先因为该软件的Github仓库中有子模块，所以基本上你下载下来后，还是会发现少了一些文件。

解决方法看知乎上文章。 然后就算你用他的方法下载后，还是会发现CTAT-VirusIntegrationFinder/util/bamsifter中的htslib文件夹还有一个隐藏的子模块，所以上述操作还要再来一遍。下载完成后，你看在htslib文件中发现有个makefile的文件，终端输入make进行编译。

完成后，进行运行ctat-VIF.py ，然后就会报错，需要安装相应的python模块和R包，这个算是自己检查吧，但是接下来的才是一步步更加崩溃。

首先报错libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.21' not found，得了，需要进行LD库的更新，可以看文章.

我是去更新了系统变量

# gcc
export PATH=/share/app/gcc/9.3.0/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH="/share/app/gcc/9.3.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH"

这样才解决问题。

然后又报错，我检查了原始作者的py脚本，最后发现是我的samtool版本太低了，所以报错了。我简直要气爆炸了。忍忍，继续更新samtools。

更新好就可以成功运行了