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记录一下2019年春季宣讲的三个月,由于工作的原因，在春秋两季会集中出差一段时间。此外，还会有偶尔的生信培训班的出差任务。总之，一年总会出差个2-3个月。 并且由于自己负责的区域比较远. 导致一次出差就要出差三周, 比如今天的春季宣讲,从4月10号到4月30日, 我在东北三省出差. 后面在广州呆了不到一个月, 5月26日又跑到了京津翼地区外加内蒙古出差了三周, 也是刚刚在上周, 也是6月6日回到了广州. 再加上年前去的西安杨凌和山东青岛的生信培训班. 估摸着今年已经出差了三个月是足足的.
最近的事情 最近微信公众号很久没更新了, 其实挺对不起我那90个订阅者的.__是的,现在我的微信公众号有90个订阅者了__,但是最近忙于出差,时间都在制作和熟练ppt中, 要不就是在准备人生大事. 当然这些都是借口, 其实主要的业务时间都是在搞博客.
最近很长时间都没写公众号了，倒不是因为工作忙，虽然这周事情确实多。不多主要原因是最近，沉迷10x单细胞，自己跑了单细胞分析的几个R包，确实能加深对产品的了解。此外，仅有的时间也在研究差异分析DESeq2。
在研究生的时候，就用R绘制过韦恩图，正如之前所言的，我当时基本上对组学一无所知，对R也是刚知道。但是当时老板给了9例转录组的数据，只好硬着头皮去学习了。所以当时还是根据excel的vlookup函数去比较三个比较组之间的交并集大小。最后用在网上学的一点皮毛，用VennDiagram包绘制了三组分的韦恩图。当时觉得自己老牛逼了，哈哈，还一度当了头像。
其实如果我们深入去学习生物信息，最核心根本不是你会不会R，能不能用perl写脚本，或者用最潮最新的python去开发一个新的生信软件。 而是懂算法, 懂原理!
前言：这篇文章是我打字最多的了，而且对于网络图背后的图论知识，也是初涉皮毛。所以准备起来也是到处找资料。文中的观点不一定正确。但是也是目前我认为的正确。
想研究生物钟和细胞周期？研究基因节律变化的R包MetaCycle不能错过！
1. 前言 接触组学多了，感觉分析主要有两类，一个是基于被研究对象的位置和序列。一类是基于算法。前者比如说lncRNA与mRNA的antisense和cis的作用关系，miRNA和piRNA的靶向基因预测等。后者就比如说机器学习、降维、聚类等算法。
了解一下甲基化 重亚硫酸氢盐测序（BS-Seq）或全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）就是我们常说的甲基化测序，目前是用于检测基因组*DNA中的胞嘧啶甲基化的最成熟方案。在该方法中，用重亚硫酸氢钠处理基因组DNA，经过测序，在基因组水平上提供胞嘧啶甲基化的单碱基分辨率。在亚硫酸氢盐处理时，未甲基化的C脱氨基成U*，U在测序后转化为T。同时，甲基化的C拒绝脱氨作用，并被测序为C。然后可以通过比较处理和未处理的序列来确定甲基化胞嘧啶的位置。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的C转化为T，导致序列复杂性降低，这对SBS合成系为原理的illumina二代测序来说，是非常不利的。所以需要非常准确的深度测序才可以减轻这种复杂性的损失。
为什么我做这个PPT 主要因素是因为我受不了公司每次生信培训的绘图课程里，一直一来讲的都是base包绘图。什么，你不知道base包。就是安装R自带的函数族.
用于R图形的BBC视觉和数据新闻手册 如何创建BBC风格的图形 在BBC数据团队，我们开发了一个R包和一个R菜谱，使用R的ggplot2库，以我们的内部风格创建出版就绪图形的过程，这是一个更可重复的过程，并使新手更容易到R来创建图形。