Welcome to Jiaxuan's Terminal.

最近很长时间都没写公众号了，倒不是因为工作忙，虽然这周事情确实多。不多主要原因是最近，沉迷10x单细胞，自己跑了单细胞分析的几个R包，确实能加深对产品的了解。此外，仅有的时间也在研究差异分析DESeq2。

在研究生的时候，就用R绘制过韦恩图，正如之前所言的，我当时基本上对组学一无所知，对R也是刚知道。但是当时老板给了9例转录组的数据，只好硬着头皮去学习了。所以当时还是根据excel的vlookup函数去比较三个比较组之间的交并集大小。最后用在网上学的一点皮毛，用VennDiagram包绘制了三组分的韦恩图。当时觉得自己老牛逼了，哈哈，还一度当了头像。

其实如果我们深入去学习生物信息，最核心根本不是你会不会R，能不能用perl写脚本，或者用最潮最新的python去开发一个新的生信软件。 而是懂算法, 懂原理!

前言：这篇文章是我打字最多的了，而且对于网络图背后的图论知识，也是初涉皮毛。所以准备起来也是到处找资料。文中的观点不一定正确。但是也是目前我认为的正确。

想研究生物钟和细胞周期？研究基因节律变化的R包MetaCycle不能错过！

1. 前言 接触组学多了，感觉分析主要有两类，一个是基于被研究对象的位置和序列。一类是基于算法。前者比如说lncRNA与mRNA的antisense和cis的作用关系，miRNA和piRNA的靶向基因预测等。后者就比如说机器学习、降维、聚类等算法。

了解一下甲基化 重亚硫酸氢盐测序（BS-Seq）或全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）就是我们常说的甲基化测序，目前是用于检测基因组*DNA中的胞嘧啶甲基化的最成熟方案。在该方法中，用重亚硫酸氢钠处理基因组DNA，经过测序，在基因组水平上提供胞嘧啶甲基化的单碱基分辨率。在亚硫酸氢盐处理时，未甲基化的C脱氨基成U*，U在测序后转化为T。同时，甲基化的C拒绝脱氨作用，并被测序为C。然后可以通过比较处理和未处理的序列来确定甲基化胞嘧啶的位置。DNA的亚硫酸氢盐处理将未甲基化的C转化为T，导致序列复杂性降低，这对SBS合成系为原理的illumina二代测序来说，是非常不利的。所以需要非常准确的深度测序才可以减轻这种复杂性的损失。

为什么我做这个PPT 主要因素是因为我受不了公司每次生信培训的绘图课程里，一直一来讲的都是base包绘图。什么，你不知道base包。就是安装R自带的函数族.

用于R图形的BBC视觉和数据新闻手册 如何创建BBC风格的图形 在BBC数据团队，我们开发了一个R包和一个R菜谱，使用R的ggplot2库，以我们的内部风格创建出版就绪图形的过程，这是一个更可重复的过程，并使新手更容易到R来创建图形。