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用R包DEseq分析差异表达基因

用R包DEseq分析差异表达基因

最近很长时间都没写公众号了,倒不是因为工作忙,虽然这周事情确实多。不多主要原因是最近,沉迷10x单细胞,自己跑了单细胞分析的几个R包,确实能加深对产品的了解。此外,仅有的时间也在研究差异分析DESeq2。

来一点高级的venn图

来一点高级的venn图

在研究生的时候,就用R绘制过韦恩图,正如之前所言的,我当时基本上对组学一无所知,对R也是刚知道。但是当时老板给了9例转录组的数据,只好硬着头皮去学习了。所以当时还是根据excel的vlookup函数去比较三个比较组之间的交并集大小。最后用在网上学的一点皮毛,用VennDiagram包绘制了三组分的韦恩图。当时觉得自己老牛逼了,哈哈,还一度当了头像。

数据分析预处理:归一化,标准化和中心化

数据分析预处理:归一化,标准化和中心化

其实如果我们深入去学习生物信息,最核心根本不是你会不会R,能不能用perl写脚本,或者用最潮最新的python去开发一个新的生信软件。 而是懂算法, 懂原理!

图论好难, Network理论和WGCNA分析

图论好难, Network理论和WGCNA分析

前言:这篇文章是我打字最多的了,而且对于网络图背后的图论知识,也是初涉皮毛。所以准备起来也是到处找资料。文中的观点不一定正确。但是也是目前我认为的正确。

'R'包MetaCycle研究节律相关的调控基因

'R'包MetaCycle研究节律相关的调控基因

想研究生物钟和细胞周期?研究基因节律变化的R包MetaCycle不能错过!

重要!相关性分析如何计算和理解

重要!相关性分析如何计算和理解

1. 前言 接触组学多了,感觉分析主要有两类,一个是基于被研究对象的位置和序列。一类是基于算法。前者比如说lncRNA与mRNA的antisens

了解一下甲基化测序

了解一下甲基化测序

了解一下甲基化 重亚硫酸氢盐测序(BS-Seq)或全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)就是我们常说的甲基化测序,目前是用于检测基因组*DNA中的

R语言绘图之ggplot2入门ppt

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为什么我做这个PPT 主要因素是因为我受不了公司每次生信培训的绘图课程里,一直一来讲的都是base包绘图。什么,你不知道base包。就是安装R

BBC 团队开发的bbc_style让你的图高大上起来

BBC 团队开发的bbc_style让你的图高大上起来

用于R图形的BBC视觉和数据新闻手册 如何创建BBC风格的图形 在BBC数据团队,我们开发了一个R包和一个R菜谱,使用R的ggplot2库,以我

Hugo 主题 Nuo 文章样式预览

这篇文章集中说明本人博客主题所支持的 Markdown 语法和 Hugo Shortcodes插件,你也可以在这里预览到他们的样子。如果你不喜欢某些部分的样式,可以去修改 content.scss 和 shortcodes.scss 这两个文件。预告一下,我所用的这个名为 Nuo 的 Hugo 也将于近期发布,敬请期待。