脚本的目的
大家首先会觉得为什么要写这种脚本。提起来就没什么用，基因组注释文件不是从NCBI-Genome或者Ensembl这些基因组网站上直接点击链接就可以了吗。
其实这话也不全对, 如果想去下载一些病毒和细菌这类小基因组文件的时候，往往只能在NCBI的Nucleotide数据库找到。然后就会发现网页是这样子的：
简而言之，就是虽然fa文件可以网页上点击下载，但是gtf文件却找不到地方下载，所有的注释信息都是在网页上以很冗余的形式表示出来。这种情况针对特定研究领域的初学者(嗯，没错就是我自己)还是相当困扰的。我觉得这个情况肯定是很普遍的，不会只有我一个人遇到这样的问题。
就拿我上份工作🏢🏢🏢来说，这种情况我都遇见过了两三次，只不过当时直接提交给分析人员。自己不做所以不操这份心。 不当家不知菜米油盐贵
但我肯定不会费大力气去写爬虫🐛🐛🐛调取的，毕竟我觉得常用的功能，应该有人写过脚本，拿来全然不费功夫。然后我相当有信心的去谷歌了。很奇怪，搜中文，没结果…。基本上没见有人提到这个问题（难道没人遇到这个问题还是说另有捷径❓❓❓）。最后搜英文，总算最终找到了解决方法，其实很简单就是一个链接输入调参而言。
虽然结果很简单，但是为了这个问题搜索的过程却不是那么轻轻愉悦的，做个分享利己利人💾💾💾，如果有需要的朋友，可以去我的Github上下载down_genome_from_nucleotide.sh，链接点此。
脚本的使用
因为是纯shell脚本📗📗📗，可以直接用在Linux系统上运行，用Windows的同学需要在Win10下面安装WSL，也就是Win10的linux子系统，效果是一样的。
# wget "https://raw.githubusercontent.com/wangjiaxuan666/WeChat-pubword/master/down_genome_from_nucleotide.sh"
# 下载好后，当面目录下会出现down_genome_from_nucleotide.sh文件
# run
bash down_genome_from_nucletide -i NC_003977.2 # NC_003977.2就是需要输入ID，见上图的红线处标识
# ok
一步搞定！运行完成后，会在屏幕上显示：
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The genome has download in NC_003977.2 files !
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这个时候，检查当前目录就会多了一个NC_003977.2的文件夹🐍，其中就会有我们需要download的基因组序列文件.fa和基因组注释文件.gtf。
切记参数是-i,如果输入其他参数不会识别，并且会报错:
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please check the '-i name' again
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注意name是NCBI Reference Sequence的编号，可以在Nucleotide的结果网页中查到。
今天就到此结束了，撒花！