最近在学python

至于为什么最近在学python，主要是自己最近刚换了职业，现在主要是搞生信。还专门问了几个老同事，都建议说python，哪怕这些同事大部分都是perl玩的溜，其中一个同事就说，虽然你的R水平可以了，但是还是要专门学一个流程性的语言，要么学perl要么学个python。

什么叫做流程性语言呢
其实我也不是很懂，但是我的R在服务器上总觉不够胶水，就是说只能做某一件特定，或者几件特定的事情。如果想搞成那种从头到尾的流程，还差的很远。尤其是我最近在搞病毒片段整合人类基因组的分析。发现简简单单的几步软件，我竟然要写八九个shell脚本。输入文件和输出文件越来越混乱。

所以我想学个流程控制软件snakemake，得了，是python写的软件。好吧，我硬着头皮看别人在github上的snakemake脚本，真的是举步维艰，看的一知半解，没有任何效果。

所以想想还是从头学起吧。

其实我也不是第一次学习python，之前19年过年的时候，嗯，就是那个疫情爆发的一年，我其实专门买了一本《Python编程:从入门到实践》。这本书是我精挑细选的，大家都说好！我也仔细看了半本书，为什么是半本书呢，因为后面就开始开发项目，比如制作小游戏，做个小程序啥的。这些我不需要，而且后面会太吃力。遂放弃~，但别人要说我没还好好读，这个我是不承认的。因为我确实很仔细的读了，代码也认真敲了，就是效果其实不咋地。

现在想想：

  1. 一是自己没有完全脱离R的思维，总觉的：“靠，这么简单的功能，我R里面分分钟实现，mmp我竟然还要学这种简单的狗东西”
  2. 二是自己初次接触，接受度有限。导致最后觉得：“嗯，不过如此嘛，老子会R，还用python干什么”

当然现在这种思维也没完全摆脱，但是自己是越来越清楚R语言的局限性了。总之自己学python断断续续，因为总是没认真当回事，所以时间和功夫也花了，但进步还是缓慢的。

但最近自己又去学了python(应该算第三次投入空闲时间去学习了，之前还有一段时间学python的panda数据处理)。感觉明显好太多了，认识到了python的强大之处。基本的概念也更清晰了一点。

写个爬虫

嗯，没错，上次疫情为啥突然学python，就是每天新冠疫情的数据更新，每天都会关注日增感染人数等。所以就在Github上fork了一个大佬的爬虫。人家是用python写的，牛逼，当时我看了几天，也搞了个不伦不类的爬虫，用R画了个感染人数的地图就over了。详情可以看另一篇文章——《地图可视化-新冠肺炎全球感染人数》。

这次我又准备写个爬虫，原因是最近我在下载一个数据库，数据库骚的是用PubMed ID来作为数据来源文章的标识。额，我需要的是文章的标题，年份，链接，和期刊啊。所以我决定爬下PubMed的网站，把自己想要的数据down下来。

脚本已经写好了，其实用起来很简单。只需要点击这里，去Github上下载pubmedid2info.py文件。然后放在自己的目标文件下中，在python中设置好路径即可。如下

import sys
sys.path.append(r'E:\webdata\pubmedid2info.py')
"""需要安装requests和bs4、openpyxl"""
from pubmedid2info import pubmedid2info
"""需要输入列表格式的PubMed ID"""
pubmedid = ["26735580","25581428"]
pubmedid2info(pubmedid)
"""会自动生成一个test.xlsx的文件"""

今天就到此结束了，完结！