根据自己在公司做的团队分享整理来的, 主要是结合自己的一些售后经验,进行对KEGG数据的一个了解的深入
前言
KEGG代谢通路虽然强大，但是复杂的线路图而使不少科研工作者眼花缭乱，深感头疼。就算这次是明白，下次遇到新的问题还是一脸懵逼。之前在论坛上有一些教程，这次更新是根据自己的实际项目中遇到的问题，特意整理一下。
帖子的主要内容：
- 对网上和论坛的资源进行一下整合，如何去看懂
KEGG代谢通路图 - 结合一下项目经验，讲解相对特殊的代谢通路。
- 对代谢通路一些细节进行讨论
目录
一，KEGG通路图背景介绍
二，如何去看懂代谢通路
三，特殊的通路通路
四，特别提示
一 ，KEGG通路图背景介绍
KEGG，Kyoto encyclopedia of Genes and Genomes，翻译为京都基因和基因组百科全书，KEGG代谢通路的构建，首先需要将我们得到的数据，也就是我们组学得到基因，转录本，蛋白和代谢物投影在KEGG的代谢通路图上。对于无参流程中或者有参流程中的新基因，使用blast+将基因和转录本比对到KEGG数据库，得到功能注释。基因在有KEGG功能注释的情况下，用公司自己写的脚本KEGGmap.pl将基因投影在代谢通路图中。那么说到代谢通路图，其实KEGG数据库中存在三大类代谢图。
第一类、reference pathway
根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图。通路图中的小框都是白色，方便个性化填充颜色，在KEGG中名字以map开头，节点代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应。如图
http://www.genome.jp/KEGG-bin/show_pathway?map00010
– 京都基因组百科全书
第二类、species-specific pathway
物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写，比如人的糖酵解通路图，hsa00010。如图：
http://www.genome.jp/KEGG-bin/show_pathway?hsa00010
– 京都基因组百科全书
第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway
例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型：
1，http://www.genome.jp/KEGG-bin/show_pathway?ko00010
2，http://www.genome.jp/KEGG-bin/show_pathway?ec00010
3，http://www.genome.jp/KEGG-bin/show_pathway?rn00010
– 京都基因组百科全书
其中，ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底色以蓝色表示。
可以看到公司用的应该是第一种reference pathway，也就是通用的，包含ko，ec，rn的所有信息，并在此基础上添加个性化绘图（加绿色方框表下调，红色上调这样的个性化），但是可能是为了老师方便查找，编号都是ko+number，而不是m+number，但通路图的内容和形式其实应该是第一类的，因为公司给的结果中，节点包含各种信息。
那么到此我们了解了KEGG代谢通路的背景知识。接下来我们又该如何根据公司的项目结果，如何去解读KEGG代谢通路呢。
二，如何去看懂代谢通路
首先，一般的KEGG代谢图是长的这个样子的。
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相信这个，大家已经很了解，只需要知道如下内容，再加上老师的背景知识和文献阅读，基本已经可以处理大部分售后问题。
KEGG代谢通路图中的名称意义：
K + num：基因在KEGG数据库中的编号，注意这里的基因是一个范畴，不是特指某个物种某个ID的基因，而是一类具有同源相似序列和功能的基因。ko + num:代谢通路的名称，表示一个特定的生物学途径。M +num:模块名称C + num:化合物名称E-.-.-.-:酶名，这个可能是国际酶学委员会统一规定的编号R + num：反应名称RC + num：反应类型RP + num:反应物质对
KEGG代谢通路图形元素意义：
资料来源：{#section-01}
三，特殊的通路图
当我们了解以上内容，就可以应对大部分情况了，嗯，我学到这些后，信心满满地去工作了，突然有个老师给我发了一份邮件，虽然大部分问题都是常规问题，但里面其中的一个问题让我一脸懵逼。
问题：基因不见了
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可以看到：
图中：里面并没有出现方框，也就是说方框所代表的基因哪里去了？标绿的箭头是什么意思？
KEGG代谢通路有三大类，分别通用，物种特有，以及单类型通路（先姑且怎么称呼吧）。但是在这三大类的分类的基础上，KEGG代谢通路还可以分为常规图，概览图，全球图，其中概览图和全球图是*KEGGPATHWAY*数据库中一组特殊的代谢途径图，呈现全球和整体新陈代谢的图片。它们用线（或箭头）代表KOs，酶，反应和个体基因的主要对象，而不是常规代谢途径图中的框。至少目前我看到的概览图和全球图都是基础代谢合成通路上的途径，例如氨基酸合成，脂类合成和碳代谢等。举例子：
概览图：ko01230 Biosynthesis of amino acids（部分）
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全球图：ko01100 Metabolic pathways
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此外一些代谢通路是有图例的，这其实也算常规的代谢通路图，这是用图例去展现途径。经常是一些研究很多的重要通路，如光合作用通路。
其实以上代谢通路虽然相对特殊，但是解读的方式还是和常规的一致，具体可以看第二部分内容，他们其中一些细节上的差异，官方如下解释
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其实简单来讲就是用线条和箭头代替方框来展示KO,酶和反应，基因。
特别提示
一，某些代谢通路图中会出现红色的字体如图：
这类的功能注释都是和疾病相关。也就是说和疾病相关的ko会被标注成红色字体。 KEGG代谢通路是我们组学研究的主要目标，在日常工作中，还会遇到各式各样的问题。欢迎大家进行补充和修正。