为什么我做这个PPT

主要因素是因为我受不了公司每次生信培训的绘图课程里，一直一来讲的都是base包绘图。什么，你不知道base包。就是安装R自带的函数族.

另外, 生信培训的课件是公司的科研总监在很久以前制作的，距今至少有个四五年历史了。一直都没人来更新一下，实在有点说不过去。很多优秀R包都已经更新了不知道多少。反观我们的课件，里面的R不知道是什么年代老旧R包。虽然我个人不可能都进行更改。但是看到的小细节，还是要改一点。另外希望下次可以修改一下聚类树的课件。里面的R包太旧了。ggtree就是非常优秀的R包，相信了解这个R包会会对客户有很大的帮助。

这次生信培训去的是中国海洋大学，负责的部分是R语言入门和绘图。讲心里话，我实在不想讲base包绘图，我即不懂，也没兴趣懂，但是无奈，要服从安排。还是耐着性子学习了。在讲课的时候大言不惭的说：“学习base包，是为了让大家更好的入门，为以后学习ggplot2等更高级的R包打基础”。

我承认这话说的是骗人的，base包和ggplot2完全是两码事！！！

但是我还是在去青岛之前，很努力的准备ggplot2的课件，从头整理，公司没有任何的资料，全靠我研究生时候看的hadley的《ggplot2：图形艺术和绘画》和网上的资料。一点一滴整理，但是最后也没能赶上在青岛讲座的时候用上，还是讲了base包。但是至少我觉得我pheatmap画热图讲的还不错。

所以后面，都是自己在空闲的晚上以及一次意外——后面没赶上飞机，导致花了600改签（赔惨了），哭死了。本来是4点的，改签到了八点，所以自己顿在机场候机厅的地板上（为了地上插座）写ppt。最终自己是写完了这个《ggplot2入门图形语法》

图形语法多么重要

我相信，但凡能知道R的人，都会知道有一个R包叫ggplo2。或者是接触了ggplot2，才慢慢了解R语言。甚至有人说R在绘图上只有两个包，一个是ggplot2包，另一个叫其他包。

ggplot2的地位和重要性，也根本不需要多说，大家都是了解的。但实际上，除了ggplot2,还有很多很优秀的R包，只是由于ggplot2使用高层次、具象化的图形语法来实现绘图的命令的大一统。总结起来，我个人觉得相比R自带的base绘图和基于griid的其他绘图包。ggplot2具有以下优点：

统一的函数命令格式，而非base包中混乱的函数名称格式。 用+号来实现图层的叠加，图层叠加并非ggplot2所特有，base等绘图包也是可以做到。只是用过的人就知道，在base包中图层叠加中，高级绘图函数和低级绘图函数之间的联系在命令上显的混乱。 用绘图语法来实现绘图思想和命令的高度统一。 那么其中最直接的、最重要的特点就是ggplot2是一套完整的图形语法来构建和绘制图形。我们都知道学一门语言，单凡要有所深入，就一定要学习语言的语法。当然如果只想说：“Thank you, and bye"这样的话，不懂语法也没什么关系。

但是只要！只要我们想在粘贴复制的境界上，稍微想往前进一步，想按照自己的想象来绘图，想DIY的，哪怕一丁点的DIY的。那么图形语法是不可避免的。

既然如此，为什么不想学习英语一样，在接触的英语的时候，就开始学习和了解一点图形语法呢。

ggplot2图形语法入门

题外话：本来准备用Y叔的yyplot中slides2png函数批量将ppt变成png，然后上传微信公众号。却发现报错，反复安装和依赖包都不行，网上也没有资料。看来这个包果然是Y叔自己用的，里面的函数还是有一些问题的。另外也确实没什么人用。出错了也搜不到任何消息。最后安装islide，神器啊。

这次的ppt我是放在网上了, 而不是像微信公众号一样, 是图片展现.